Pinnock erhielt seinen ersten Musikunterricht als Chorknabe an der Kathedrale zu Canterbury. Von 1964 bis 1967 studierte er am Royal Collage of Music in London Orgel und Cembalo. 1973 gründete er das Ensemble The English Concert und widmet sich überwiegend der Alten Musik; das Orchester musiziert auf historischem Instrumentarium (siehe Historische Aufführungspraxis).

1990 dirigierte Pinnock die New Yorker Classical Band. Seit 1991 leitet er das National Arts Centre Orchestra Ottawa.

Pinnock nahm zahlreiche Schallplatten auf. Neben den Werken der Alten Musik spielte er u. a. auch Musik von Manuel de Falla, Robert Gerhard, Walter Leigh und Frank Martin ein.

Pinnock wurde von der Stadt Halle an der Saale mit dem Händelpreis geehrt.

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